Вылечить можно hint-поверхностью вот по тем самым координатам - это заставит Vis по другому просчитать порталы и, возможно, новое разбиение окажется надежней.
Для начала можно посмотреть все-таки alt-p в хаммере - если ошибок нет, то попробовать мой способ выше. И если уж это не помогло, тогда горы переделывай.