Раньше у меня была подобная ситуация с трубой. Я не помню точно, но труба была func_wall, у нее переключалось состояние Toggle и кажется труба случайно скопировалась внутрь себя. Я тогда удалил лишнюю копию и фантомная труба появляться перестала (а появлялась она совсем в другом месте).
Так вот у меня вопрос - как можно вообще найти, где лежит этот лишний func_wall (если это он), при том что в редакторе на том месте ничего нет?